Aquarium Santiago se encuentra en calle Sebastopol 90, interior del parque Brasil de la comuna de La Granja, en el paradero 13 de Avda. Vicuña Mackenna, cercano a la intersección con Avda. Departamental.
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La avenida Vicuña Mackenna es una buena alternativa para quienes viajan en microbús, que se toma en la Plaza Italia. Por esa misma arteria, corre el Metro al que también se accede en Plaza Italia, línea 5. La estación que corresponde al Museo se llama Mirador, desde donde parten colectivos de la línea 150 que dejan al pasajero frente al acceso de Sebastopol. Para quienes viajan desde el sur de la ciudad, Vicuña Mackenna también es una buena solución tanto en microbús como en metro. Para los que van en vehículo particular, pueden tomar Vicuña Mackenna o vías alternativas como Américo Vespucio para llegar al cruce de ambas avenidas, desde donde el acceso al museo está señalizado con varios letreros que guían al visitante.